法律形式区别
个人有限责任公司属于法定的民事主体，具有法人资格。而个人独资企业没有法人资格。这是本质的区别之处，这一点尤为重要。
设立条件区别
个人有限责任公司的注册资本最低限额为人民币10万元，股东应当一次缴纳公司章程规定的出资额。然而，个人独资企业的设立却没有法定注册资本以及最低限额的限制(只需出资人申报出资即可)。另外，个人有限责任公司的货币出资金额不能低于有限责任公司注册资本的30%。而个人独资企业对出资形式没有任何强制性规定。
投资主体区别
个人有限责任公司的投资主体可以是自然人，也可以是法人。反观个人独资企业的投资主体只能是自然人。这是明显的区别之处。
投资者责任承担区别
个人有限责任公司的股东，以认缴的出资额为限承担“有限责任”，仅有股东不能证明公司财产独立于股东自己的财产的情况下，对公司债务必须承担连带责任;而个人独资企业的投资人以其个人财产对企业债务承担无限责任，投资人在申请企业设立登记时，明确以其家庭共有财产作为个人出资的，应当依法以家庭共有财产对企业债务承担无限责任。这是法律法规对于责任的明确区分。
税收征缴规定区别
个人有限责任公司按照税法规定：必须要缴纳企业所得税，而个人独资企业只需要缴纳个人所得税即可，不需要交纳企业所得税。国家相关法律法规对于个人独资企业和合伙企业从2000年1月1日起，停止征收企业所得税，比照个体工商户生产经营所得征收个人所得税。
财务核算要求区别
个人有限责任公司，应当在每一会计年度完结，编制公司财务会计年终报告，并经会计师事务所审计;个人独资企业则没有明确的要求，个人只需依法设立会计账簿来进行会计核算即可，无需经会计师事务所审计。这是在财务核算方面的重要却别。
